國民健康局調查，9成以上民眾與產後母親贊成政府推動「禁止性別篩檢」的政策， 7成以上的民眾對於子女性別並無偏好，而偏好男孩者僅1成，而即使是偏好男孩的民眾也高達89%支持禁止篩檢；顯示民眾壓倒性的支持政府禁止性別篩選。衛生署呼籲醫師，切勿再從事違法失德的性別篩選及墮女胎的行為，衛生署將持續全面監測、稽查，盡力遏止性別失衡。若醫界未能配合守法及加強自律，情況持續嚴重時，不排除將可疑者移送檢調單位調查有無觸犯刑法墮胎罪，查有實證者，墮胎之醫師與孕婦皆會吃上官司。
國民健康局指出，部份國人仍有重男輕女觀念，加上部份醫師以性別檢測與精虫分離術獲取每案1至2萬元之高利，造成持續的性別失衡。衛生署對此一直非常重視，過去即已多次函令醫療院所不得從事性別篩選行為。但因查證困難，導致效果有限，近年來男嬰與女嬰的比率仍達1.1，居高不下。對此，衛生署認為應盡一切努力，尋求突破，自去年開始，國民健康局使用醫師與機構的「接生性別比」作為警示指標，將全國所有接生醫師與各接生院所一一納入監視系統，從出生通報資料，定期統計其接生嬰兒的男女性別比，凡有異常偏高且達統計顯著者，雖不能直接論斷其有將女嬰墮胎之事實，但皆加以註記，並以正式公文將數據函知醫師與院所，請其說明，亦將名單交給醫政主管機關（縣市衛生局），據以前往現場稽查有無進行性別篩選或將女嬰墮胎之行為證據。同時，國民健康局也與各縣市衛生局針對網路違規廣告（包括宣稱包生男、或宣稱有提供性別檢測、精虫分離術等服務者）進行定期清查掃蕩。今年1-3月，全國出生性別比降到1.08，創7年來最低點；違規廣告亦皆已撤除。由於從懷孕、檢測到生產有8-10個月的時間差，國民健康局與各縣市衛生局期望在7月以後看到出生性別比進一步的下降。
國民健康局局長邱淑媞指出，為了性別偏好而進行性別選擇，在醫學上最殘忍的方式就是在懷孕以後檢測胎兒性別（包括以母血檢驗、以絨毛膜取樣、或以超音波檢視），再依性別而對胎兒進行選擇性的墮胎。這在國際上一向被視為是嚴重違反醫學倫理、違反男女平權、違反人權的行為；有此現象的國家，在國際上會遭到嚴厲的撻伐聲浪，南韓與印度甚至在其醫療法規中訂有刑責。非常不幸的，時至今日，臺灣仍有民眾與醫師在從事這樣的行為，實在使我國的性別平等與人權成就嚴重蒙羞！
至於在懷孕之前採用精虫分離方式受孕，或在做試管嬰兒時選擇特定性別的胚胎植入，亦是具高度倫理爭議之行為，且只有在部份沒有性別偏好的國家被視為「有討論空間」（但仍具爭議），而在有性別偏好的國家，基於其對社會性別的嚴重扭曲衝擊，是被禁止的，許多國家，包括加拿大、紐西蘭、印度與我國，都明令禁止人工生殖篩選胚胎性別。
除了違法及失德，檢測本身亦有其副作用，像過去曾流行的絨毛膜取樣，就發生多起驗出是男胎而保留下來，生下時嬰兒卻缺手或缺腳的醫療糾紛；驗母血則因不夠準確，常導致其實是男嬰卻沒驗出來而誤殺了男嬰，或其實是女嬰卻誤驗為男嬰而留下來，一出生就成了「不受父母歡迎的孩子」，對寶寶非常不公平。此外，墮胎本身的後遺症，也造成有些女性墮胎之後難以再懷孕。凡此種種，不僅傷害到社會與無辜的胎兒，對母親本身也有傷害。但基於部份民眾有此需要，加上查證困難，醫界提高收費、獲取厚利，這種情況仍是存在。
國民健康局指出，縱使查察不易，衛生署仍有絕對的決心，採取多管齊下、跨局處動員的方式，運用中央與地方各種行政資源，盡力導正性別失衡的現象。相關措施包括：
1.正式公告性別篩選為中央主管機關規定不得從事之醫療行為，處分上從過去依違反醫學倫理的規定、須經縣市開會討論才能處分，提升到可以直接開罰。依衛生署醫事處於100年1月之公告，「醫師執行非性聯遺傳疾病診斷所施行產前性別篩選之處置，或僅以胎兒性別差異為由進行之人工流產等行為，為醫師法第28條之4第一款規定不得從事之醫療行為」，並自即日生效；爾後查獲有性別篩選或依性別進行墮胎之實證者，即可直接處分醫師10-50萬元罰鍰，情節重大者，甚至可廢止醫師證書。
2.依人工生殖法第16條第3款規定，人工生殖不得選擇胚胎性別，違者處20-100萬罰鍰。國民健康局會持續對人工生殖機構進行監測、稽查。
3.除了監測接生醫師其接生嬰兒之性別比，國民健康局亦考慮針對產檢醫師建立「產檢孕婦生育結果監測系統」，對於各醫師提供第一孕期產檢的孕婦，追蹤其生育結果，觀察是否某些醫師產檢過的孕婦生下男嬰的比率有比女嬰高的情況。雖然這些監測仍不是直接的違法證據，無法直接據以論處，但能幫執法機關找出可疑的對象，進一步稽查。
4.衛生署已經由國民健康局、醫事處及食品藥物管理局等單位，共同組成出生性別比工作小組。將由食品藥物管理局，持續研議我國性別篩選醫療器材、性別檢測試劑等相關管理；並由醫事處針對一般實驗室或生技公司，若從事性別篩檢或受委託執行性別篩檢時，研議相關管理規範。
國民健康局表示，政府有決心導正性別失衡亂象，且九成以上的國人與產婦都支持政府禁止性別篩選的政策；國民健康局一定會持續密切注意各醫師產檢與接生狀況，並與醫事處及各縣市共同加強稽查執法，請醫師與各院所務必遵守相關法令規定，各相關醫學會亦應加強約束會員，勿因個別行為，傷害醫界的整體社會形象。若醫界仍舊不能守法自律，未來考慮將資料移送檢調單位，就有無觸犯刑法墮胎罪之情事進行調查，一經查證屬實，墮胎之醫師與孕婦皆會吃上官司。
國民健康局也呼籲民眾：台灣目前正面臨出生性別比失衡的危機，因此，需要全民的支持與政府一同持續努力，珍愛每一個生命。不論是女孩或男孩，都是我們珍愛的傳家寶貝！千萬不要因為胎兒性別的差異，而剝奪了她（他）來到這世界的生存權利!