疫苗上市之前，已經過嚴謹的安全性試驗評估，以目前的臨床資料顯示，HPV疫苗是安全且有效的。接種HPV疫苗可能發生的常見不良反應為注射部位疼痛、署部腫脹、發癢、輕微發燒、頭痛、頭暈等，大多數屬輕微至中等程度且為時甚短。