(1) 常見副作用為：注射部位疼痛、腫脹、紅斑、搔癢、發燒、頭痛、噁心、暈眩等。
(2) 少見副作用為：腹瀉、皮疹、蕁麻疹、關節痛、昏厥等。
(3) 國際間曾有接受HPV疫苗後出現複合局部疼痛症候群(Complex Regional Pain Syndrome,CRPS)及姿勢體位性心博過速症候群(Postural Orthostatic Tachycardia Syndrome,POTS)現象，
但根據歐盟醫藥管理局(EMA)的監測資料顯示疫苗上市後CRPS及POTS雖有增加趨勢，但疫苗組發生CRPS及POTS的機率不會比對照組高。在日本出現慢性疼痛或其他症狀的事件，但經專家委員會確認與疫苗無關。2016年世界衛生組織全球疫苗安全委員會(GACVS)評估後認為HPV疫苗是安全的，並無科學證據證明嚴重不良事件與接種HPV疫苗有關。
註：CRPS-通常都是因軟組織受傷後所引起的病症或某些神經線受傷而誘發的病症，醫學上沒有嚴謹定義。
         POTS-交感神經異常且合併因改變站立姿勢後所產生異常心跳過速的病理現象。
(4) 國民健康署於2018年起接提供國中女生施打疫苗，對於接受補助之施打者設有通報機制，截至2022年6月底，接種約45.3萬劑，共接獲通報413件不良事件（約千分之0.9），最常出現的症狀為注射部位紅腫痛，其次是發燒、暈眩、頭痛，多屬輕微至中等程度且為時短暫。