國民健康署由署長綜理署務,下置副署長二人,主任秘書一人,其下設有業務單位七組及行政單位,提供民眾從子宮到天堂,涵蓋男女老幼的全面健康促進服務;並協同縣市衛生局、各級醫療院所,及結合民間力量建立伙伴關係,攜手共同努力,透過個人、環境及政策的發展,提升民眾健康、預防疾病、延長壽命,並進一步減少社會不平等,增進和諧與繁榮。