國民健康署表示，有關今(2)日監察院財政經濟與內政少數民族委員會聯席會議，通過「外國菸商來臺設廠涉違反國際公約」之調查報告案，該署敬表尊重，惟其相關報導之若干內容，恐有誤解，有必要加以澄清。

一、 部份報導稱國民健康署「明知菸品危害國民健康，竟未曾表達「菸草製造業」應納入外國人投資「禁止」業別的具體意見」，恐係誤會。事實上，雖然「外國人投資條例」主管機關為經濟部，且該條例第7條第2項規定，限制投資業別應經目的事業主管機關之許可或同意，而「菸草製造業」之目的事業主管機關為財政部，然，前行政院衛生署仍於101年5月8日以正式公文向主管機關經濟部表達: 「根據研究顯示，菸煙中有超過7,000多種化學物質，其中約70種成分會致癌。台灣每年約有18, 800人因吸菸相關疾病死亡，相當於每28分鐘就有1人死於菸害。吸菸及二手菸除對國人健康造成損害，相關醫療支出亦造成健保財務與社會經濟生產力沉重之負擔，……」；「價格及稅收措施是對各階層人群，特別對青少年，減少菸草消費的有效及重要手段。然而目前台灣菸價相較於鄰近亞太地區的已開發國家仍然明顯偏低，成為推動菸害防制的最大障礙，如開放外資來臺投資菸草製造業，則其菸草之關稅及運輸成本必相對降低，並有利提高產品知名度，發展平價菸品，除可能吸引更多年輕族群外，亦可能促使成年消費者在支出負擔考量下，去購買平價商品；且其他菸品業者基於銷售量，勢必削價競爭，造成危害國民健康情形更鉅，……。」「鑑於菸品之成分、添加物及燃燒後的排放物具有成癮性或有毒性，屬污染性質產品，基於菸害防制，維護國民健康之目的，不宜開放外資來臺投資菸草製造業，以保護國人免受對健康、社會、環境和經濟造成的破壞性影響。」並再於同年11月16日再度函復經濟部，指出防制菸害，係為維護國民健康之立場。健康署雖不具將「菸草製造業」納入外國人投資「禁止」業別之職權，然確有表達反對投資，並一再指出其對國民健康有不利影響 (註: 「外國人投資條例」第7條第一項規定: 「下列事業禁止投資人投資：一、對國家安全、公共秩序、善良風俗或國民健康有不利影響之事業。…」)。

二、 報導另指，國民健康署回覆監察院：「菸草製程中是否對國民健康具有危害性，衛福部並未有相關研究資料」，認此係「昧於職責向監院諉稱」。國民健康署嚴正表示，其對於相關報導為何會特別以菸草「製程中」是否對國民健康具有危害性作為重點，而忽略不提其再三敘明之菸草對「消費者」之危害，或「設菸廠」對「消費者或社會」之危害，深感遺憾及不解。健康署表示，國際皆知，菸草最大之危害，係發生在「消費者」吸食之時及之後，對自身與周遭之人產生一手菸、二手菸與三手菸，而造成國民健康危害；另，設菸廠，則會降低製菸成本、免去進口關稅，而可能導致菸價降低而增加國人消費量，或讓菸商獲利增加，另亦可能因設廠而提高社區對品牌與公司之接受度提高等。至於其「製造過程」是否會造成從業勞工與周遭社區之傷害、危害多大，則國際學術文獻之研究結果並不一致，且亦非國際關切之最主要危害。國民健康署在過去函覆經濟部以及此次向監察院說明時，皆已詳細清楚述明消費菸品對國民健康之危害以及設廠可能引發之效應。國民健康署並不理解何以其所提供之真正危害資訊竟未獲引述，反而焦點是被放在比較不重要的「製造過程」上，並斷章取義，將使人誤以為該署認為其危害似無相關研究實證，實為嚴重誤導。