為導正我國出生性別比男女失衡之問題，衛生署國民健康局去年八月依人工生殖專家與優生保健委員會建議，函文醫療院所有關執行「產前遺傳診斷」（如：絨毛膜、羊膜穿刺、胚胎植入前遺傳診斷／篩檢等），除非基於醫學理由，否則提供予民眾之報告內容不應記載性別，並不得以任何形式向民眾揭露胚胎或胎兒性別。此公文引來不少醫師誤會及擔心，文中「任何形式」是否包括作超音波時亦不得向準父母透露寶寶性別？國民健康局先前已澄清，該公文係針對「產前遺傳診斷」結果之告知加以管理，用意是防止依性別選擇胚胎植入或進行人工流產。超音波並不在該公文之管制項目內，醫師與民眾無須擔心。近日仍有報導提及政府有禁止超音波檢查告知性別，或對性別告知「下封口令」，應是誤解。該局再次說明：政府並未禁止醫師於懷孕較晚期的超音波檢查告知寶寶性別，日前召開的專家會議亦認為此事非關性別選擇，毋須納入管理。專家建議政府結合婦產科醫學會，在告訴準父母寶寶是男生或女生時，以正向的態度為之，加強宣導女孩男孩都很好的訊息，減輕準父母壓力。

國民健康局表示，其管理政策仍維持於目前規範之範圍，工作重點是針對防制性別失衡，管制相關的性別篩選、性別選擇性胚胎植入與性別選擇性人工流產。在民眾迎接下一代時，不論是希望早一點知道寶寶是男是女，或希望保持神秘期待，政府皆予以尊重，並將與醫護人員共同宣導女孩男孩一樣好的觀念，減輕準父母壓力，一起守護小龍女。

國民健康局先前已就該公文產生之誤解與疑慮，發文各醫療機構、婦產科醫學會、醫師公會全聯會等，說明係針對「產前遺傳診斷」之結果。對於醫師提出：超音波檢查是否可以告知性別？該局慎重對國際作法進行若干瞭解，各國作法確有不同，有些國家（例如美國）的作法較保留，有些國家（例如加拿大）則與臺灣情況相似，醫師會告訴準父母胎兒性別。歐洲兩性平等委員會曾就性別篩選問題作成建議（Doc.12715），提送歐洲委員會（European Council）討論，包括考慮要求公立醫院醫師不告知胎兒性別，或至少確保此訊息是以較正向的方式提供給父母(draft resolution 8.6.：consider recommending that public hospitals instruct doctors to withhold information about the sex of the foetus, or at least ensure that  this information is given in a positive way, irrespective of the sex of the foetus）。不過，「不告知胎兒性別」的意見未獲歐洲委員會通過，因此未被列入後者之決議書(Resolution 1829, 2011)；也顯示這方面有討論空間。

國民健康局於101月2日9日邀集法律、倫理、婦產科、護理等領域專家討論，專家認為，重要的是避免懷孕早期的性別檢測、告知與選擇性人工流產；到了懷孕較晚期，醫師做超音波檢查，順便告知胎兒性別，主要是提早讓準爸媽知道和準備，並非用於性別篩選，毋須納入管理。