臺灣食品藥物管理署(前身為食品藥物管理局)係於2006年首次核准第一支人類乳突病毒疫苗於臺灣使用。因為疫苗可以預防疾病的發生，各國莫不將其視為公共衛生的利器，特別是因癌症對民眾而言，仍是不可承受之重，故衛福部長期關注此疫苗的安全性、保護力等實證，以確認其納入公共衛生計畫的可行性。有關此疫苗是否應該被推薦?世界衛生組織(WHO)繼2008年首次發表對HPV疫苗立場聲明(Position Paper)後，復於2022年建議各國：1.納入國家疫苗接種計畫；2.對9至14歲性行為尚未活躍的女生提供HPV疫苗的接種服務，且預防效果較好。目前全世界已有126個國家將HPV疫苗納入國家疫苗接種計畫。

在過去十年中，負責監督行政機關的立法院，有多位委員關注垂詢人類乳突病毒疫苗政策；另外，因為此疫苗所預防的子宮頸癌，其病原可藉性行為由男性傳染予女性，故女性團體亦十分關注此疫苗政策，且消基會也督促本部FDA應要求業者於包裝加註適切警語以及應提供消費者說明書與同意書。

為了瞭解民眾對國家推動此疫苗接種計畫的想法，本部於2008年順應外界建議，召開論壇，獲得6成以上參與單位贊成補助施打，故於2011年先對較不易取得子宮頸抺片服務資源的族群提供服務。至2016年，再次提案至國家督導疫苗政策之最高指導單位-疫苗政策諮詢委員會，獲得委員會同意全面施打。在此同時，臺灣約有十個縣市已自行編列預算提供公費施打服務，故在經由長期觀察包括世界衛生組織等公信力單位所陸續發布此疫苗安全性以及保護力資訊後，衛福部正式編列經費，支持推動人類乳突病毒疫苗接種政策，為降低健康不平等及以全面提升女性民眾健康福祉而努力。