海藻糖雖然甜度低，但和砂糖、果糖一樣屬於糖類，一公克產生4大卡的熱量，吃多了還是會造成肥胖等問題，也同樣地會造成血糖的上升，所以不建議糖尿病患者大量食用。
海藻糖真正的應用價值，主要在食品加工上，可以讓食物有更好的質地，而並非在於有低熱量、調整血糖等功效，所以還是要適度攝取。根據國民健康署公布的「國民飲食指標」建議，每日額外添加的糖不要超過總熱量的10%，若以每日2000大卡計算，一天不可攝取超過50克的糖，其中也包含海藻糖喔！

資料來源：營養及健康飲食專文-「海藻糖甜度較低，對健康較好？」