一、第一階段(民國84年至92年):紙本出生通報流程
凡在醫院、診所或助產所出生之胎兒不論活產或死產(出生體重滿500公克以上或胎齡滿20週以上),胎兒於出生後10日內(民國92年5月修改為7日內),接生人應將出生之相關資料通報當地戶政及衛生主管機關備查;未於法定期間 辦理出生通報者處以新臺幣六千元至三萬元之罰鍰。
活產胎兒出生後,由接生醫療院所或接生人員開具出生證明書一式四聯,第一聯交由產婦或其配偶憑以辦理出生登記;第二聯由接生醫療院所郵寄直轄市、縣市政府民政局轉送產婦戶籍所在地之戶政事務所,對於新生兒出生後30天內(民國97年戶籍法修正為60天內)未辦理出生登記者,用以催告及逕為登記之依據;第三聯由接生醫療院所郵寄當地衛生主管機關(衛生局),衛生局點收出生證明書,並影印(或建檔)分送至產婦戶籍所在地之衛生所,俾便產婦及新生兒之健康照護管理,並檢查是否為7日內通報,對未於法定期限內通報者開具罰單;第四聯由接生醫療院所留存。
另衛生福利部前衛生署於民國93年訂定之「出生通報表」(民國98年1月1日修訂為「出生通報書」)係供非在醫療院所出生,無法取得出生證明書之新生兒,由協助處理之醫護人員開具,以辦理出生登記。
二、第二階段(民國93年起):網路出生通報流程
為達到提高行政效率之目的,本署逐步將出生通報電腦化,於民國92年網路出生通報推廣初期,採用紙本與網路兩種方式並行,民國93年起醫療單位通報聯(第三聯)改行網路通報不再使用紙本,而戶政聯(第二聯)仍採用兩種通報方式並行。經本署持續與內政部戶政司協調整合,內政部於民國93年4月訂定「出生資料網路通報作業要點」;並於民國94年起全面實施網路出生通報,完全免除紙本之寄送。