經由試管嬰兒懷孕、發生流產的機會和自然懷孕差不多，年紀大流產率較高。發生流產的原因，大多是胚胎本身不正常，其中以染色體異常佔絕大因素。夫妻雙方皆正常時仍會發生，並不必要因此責怪對方。其他原因有胎兒構造異常、子宮異常或黃體素不足等。

資料來源：
我們好想懷孕(上天最美的禮物) 07-治療的併發症
(https://www.hpa.gov.tw/Pages/Detail.aspx?nodeid=500&pid=430)