為提升新生兒的照護品質，自108年10月1日起全面擴大新生兒先天性代謝異常疾病檢查項目由11項增加為21項。只要新生兒出生48小時採取微量腳跟血就可完成21項篩檢，早期篩檢，早期治療，可避免造成永久性的神經與身體損害後遺症。
新生兒先天性代謝異常疾病篩檢政府提供一般新生兒每案補助200元整，如為低收入戶、優生保健措施醫療資源不足地區之醫療機構(助產所)出生者，每案補助550元整。新增10項篩檢，為現行串聯質譜儀篩檢可以同時檢測項目，不會增加民眾經費負擔。針對疑陽性個案會依疾病不同，政府補助進行不同『確診流程』，相關費用由政府補助。
新生兒篩檢採全面性參與方式，篩檢前由醫護人員口頭衛教說明後，家長無提出異議或未主動拒絕篩檢者，即視為同意篩檢，每年篩檢率都達99%以上，針對異常個案，均已完成轉介追蹤。