為持續提昇全國性新生兒先天性代謝異常等疾病篩檢作業品質，目前由國立臺灣大學醫學院附設醫院、財團法人中華民國衛生保健基金會附設醫事檢驗所及醫療財團法人病理發展基金會台北病理中心等3家篩檢中心辦理「新生兒先天性代謝異常疾病篩檢合約實驗室」計畫。提供各採集機構所送新生兒篩檢血片之初篩、複檢及個案追蹤等服務；各合約實驗室之主要負責區域，如下：
    （一）臺灣大學醫學院附設醫院：新北市、新竹市、新竹縣、雲林縣、高雄市、台東縣、花蓮縣、金門縣等縣市以及臺灣大學醫學院附設醫院。
    （二）中華民國衛生保健基金會附設醫事檢驗所：臺中市、彰化縣、南投縣、嘉義縣、臺南市、屏東縣等。
    （三）台北病理中心：宜蘭縣、基隆市、臺北市(不含臺灣大學醫學院附設醫院)、桃園市、苗栗縣、嘉義市、澎湖縣、連江縣等縣市。為確保新生兒篩檢之採集作業時效及相關服務品質。

若針對新生兒篩檢採集執行注意事項有相關疑義者，可逕洽本署合約之實驗室（台灣大學醫學院附設醫院：02-23123456轉271930，財團法人中華民國衛生保健基金會附設醫事檢驗所：02-87681020轉11，醫療財團法人病理發展基金會台北病理中心：02-85962065轉401）。