一、第一階段（民國84年至92年）：紙本出生通報流程

凡在醫院、診所或助產所出生之胎兒不論活產或死產(出生體重滿500公克以上或胎齡滿20週以上)，胎兒於出生後10日內（民國92年5月修改為7日內），接生人應將出生之相關資料通報當地戶政及衛生主管機關備查;未於法定期間 辦理出生通報者處以新臺幣六千元至三萬元之罰鍰。

活產胎兒出生後，由接生醫療院所或接生人員開具出生證明書一式四聯，第一聯交由產婦或其配偶憑以辦理出生登記；第二聯由接生醫療院所郵寄直轄市、縣市政府民政局轉送產婦戶籍所在地之戶政事務所，對於新生兒出生後30天內（民國97年戶籍法修正為60天內）未辦理出生登記者，用以催告及逕為登記之依據；第三聯由接生醫療院所郵寄當地衛生主管機關(衛生局)，衛生局點收出生證明書，並影印（或建檔）分送至產婦戶籍所在地之衛生所，俾便產婦及新生兒之健康照護管理，並檢查是否為7日內通報，對未於法定期限內通報者開具罰單；第四聯由接生醫療院所留存。

另衛生福利部前衛生署於民國93年訂定之「出生通報表」（民國98年1月1日修訂為「出生通報書」）係供非在醫療院所出生，無法取得出生證明書之新生兒，由協助處理之醫護人員開具，以辦理出生登記。

二、第二階段（民國93年起）：網路出生通報流程

為達到提高行政效率之目的，本署逐步將出生通報電腦化，於民國92年網路出生通報推廣初期，採用紙本與網路兩種方式並行，民國93年起醫療單位通報聯（第三聯）改行網路通報不再使用紙本，而戶政聯（第二聯）仍採用兩種通報方式並行。經本署持續與內政部戶政司協調整合，內政部於民國93年4月訂定「出生資料網路通報作業要點」；並於民國94年起全面實施網路出生通報，完全免除紙本之寄送。