臺灣食品藥物管理署(前身為食品藥物管理局)係於2006年首次核准第一支人類乳突病毒(HPV)疫苗於臺灣使用。因為疫苗可以預防疾病的發生，各國莫不將其視為公共衛生的利器，特別是因癌症對民眾而言，仍是不可承受之重，故衛生福利部長期關注此疫苗的安全性、保護力等實證，以確認其納入公共衛生計畫的可行性。根據世界衛生組織(WHO)繼2008年首次發表對HPV疫苗立場聲明(Position Paper)後，復於2022年建議各國：1.納入國家疫苗接種計畫；2.針對9至14歲性行為尚未活躍的女生提供HPV疫苗的接種服務，且預防效果較好。目前全世界已有126個國家將HPV疫苗納入國家疫苗接種計畫。

在過去十年中，負責監督行政機關的立法院，有多位委員關注垂詢HPV疫苗政策；另外，因為此疫苗所預防的子宮頸癌，其病原可藉性行為由男性傳染予女性，故女性團體亦十分關注此疫苗政策，且消基會也督促本部FDA應要求業者於包裝加註適切警語以及應提供消費者說明書與同意書。

為了瞭解民眾對國家推動此疫苗接種計畫的想法，本部於2008年順應外界建議，召開論壇，獲得6成以上參與單位贊成補助施打，故於2011年先對較不易取得子宮頸抺片服務資源的族群提供服務，2016年，經提案至國家督導疫苗政策之最高指導單位-疫苗政策諮詢委員會，獲得委員會同意全面施打。自2018年起採入校園方式提供國中女生公費HPV疫苗接種服務，截至2023年入學之國中女生HPV疫苗完整接種率已達到90%，經參考世界衛生組織(WHO)建議，進一步於2025年9月起擴大HPV疫苗公費接種對象至國中男生，期望透過HPV疫苗接種，降低HPV相關疾病威脅，守護國民健康。